土地改革試點意見也強調農民自愿流轉，如果農民認為市場價值不合適，可以不流轉。依照農民自愿原則，確保改革不傷害農民利益。
在宅基地方面，文件首提“改革農民住宅用地取得方式，探索農民住房保障的新機制”。國務院發(fā)展研究中心農村部研究室主任張云華認為，“福利分配，免費使用”是農民住宅用地取得與使用制度，國家在很大程度上保護了廣大農民的居住權利，與此同時，這種制度也造成許多農村中存在“一戶多宅”和空心村現(xiàn)象，大量宅基地被閑置浪費。
“近年來，數(shù)億農村人口進入城鎮(zhèn)定居，未來若干年還將有上億農村人口遷入城鎮(zhèn)居住，越來越多的農宅將空置。在此背景下，農民住宅用地取得方式有必要進行改革。”張云華認為，“一方面應重點鼓勵農民利用農村中原有的空閑農宅，對農民利用閑置農宅給予獎勵或補貼，以經濟激勵來變廢為寶，節(jié)約土地。另一方面應試點宅基地有償取得與有償使用制度，對城郊地區(qū)新申請宅基地實行有償取得方式，對農村外來人員使用農宅，及農戶多占宅基地的則實行有償使用制度。”
李國祥認為，對于農民的宅基地方面，還是要加強管制，在一定范圍內允許市場化。
在新型城鎮(zhèn)化綜合試點任務要求中，其中一項就是對宅基地制度改革的探索。中國農業(yè)大學土地資源管理系主任朱道林認為，“進城落戶農民的宅基地在本集體經濟組織內部流轉，主要是考慮保證農村住房重點在于保障安居問題，目的是防止農村土地改革引起過度資本化，導致宅基地基本居住功能受到沖擊。”
然而有觀點認為，宅基地在集體內部流轉對于農民財產價值實現(xiàn)不多。朱道林則認為，“農村宅基地畢竟是居住功能，沒有必要過分追求土地資本的價值。土地資本價值過高，對經濟發(fā)展和區(qū)域發(fā)展都是不利的。”土地改革試點意見也強調農民自愿流轉，如果農民認為市場價值不合適，可以不流轉。依照農民自愿原則，確保改革不傷害農民利益。以往一些地方農村土地改革的做法出現(xiàn)一些問題就是因為違背了農民的自愿原則，一些村集體過分追求改革成果而適得其反。
