首批6宗入市土地中，沒(méi)有一宗是城中村整治后的土地入市，主要原因是地方政府擔(dān)心對(duì)征地造成沖擊，也反映了當(dāng)前集體土地入市尚面臨諸多難題。
一是，農(nóng)村土地管理基礎(chǔ)工作有待加強(qiáng)。
從試點(diǎn)前期工作情況看，地籍工作不實(shí)、缺乏合法產(chǎn)權(quán)、土地規(guī)劃滯后三個(gè)問(wèn)題相當(dāng)突出，影響工作的推進(jìn)。
二是，入市范圍、途徑、方式等有待研究規(guī)范。
關(guān)于入市范圍，各地的認(rèn)識(shí)很不一致，有的認(rèn)為，可入市土地只有現(xiàn)狀集體建設(shè)用地中符合“兩規(guī)”的經(jīng)營(yíng)性用地;也有認(rèn)為，可入市土地是在存量集體經(jīng)營(yíng)性建設(shè)用地總規(guī)?？刂葡?，符合“兩規(guī)”的集體經(jīng)營(yíng)性建設(shè)用地，包括可直接就地入市的用地和可調(diào)整入市的用地;還有的認(rèn)為，可入市土地在存量集體建設(shè)用地總規(guī)?？刂葡?，依據(jù)“兩規(guī)”確定的集體經(jīng)營(yíng)性建設(shè)用地。
關(guān)于入市途徑，三種入市途徑的成本和收益差異懸殊：就地入市成本低，但收益一般也低，利益關(guān)系相對(duì)易處理;調(diào)整入市拆舊和建新兩頭有成本，如果入市是效益低的工業(yè)用途，利益平衡的難度明顯增大;城中村整治入市成本高，但收益更高，對(duì)現(xiàn)行征地制度的沖擊不容輕視。
關(guān)于入市方式，考慮到農(nóng)村市場(chǎng)小微企業(yè)居多，政策上應(yīng)支持多種方式入市;農(nóng)村集體建設(shè)用地產(chǎn)權(quán)關(guān)系往往十分復(fù)雜，采取招拍掛還是協(xié)議出讓，宜結(jié)合實(shí)際情況確定，但要根據(jù)評(píng)估確定出讓底價(jià)并確保公開(kāi)透明。
三是土地增值收益調(diào)節(jié)金收取亟待加強(qiáng)指導(dǎo)。
關(guān)于收取比例問(wèn)題，湄潭和郫縣此次的收取比例分別只有12%和15%。收取比例問(wèn)題不僅關(guān)系國(guó)家與集體之間的收益分配是否合理，也關(guān)系到土地征收等相關(guān)工作，收取比例過(guò)低，導(dǎo)致入市收益與征地補(bǔ)償水平嚴(yán)重失衡，勢(shì)必進(jìn)一步加大征地困難。
關(guān)于收取差額問(wèn)題，只有德清針對(duì)不同區(qū)域、不同用途實(shí)行差額收取。土地增值收益調(diào)節(jié)金既承擔(dān)國(guó)家與集體之間的收益合理分配功能，也關(guān)系不同用途土地的收益公平分配問(wèn)題，規(guī)劃用途不同，土地增值收益差異很大，收取比例若沒(méi)有適當(dāng)價(jià)差，既有失公平，也可能加劇規(guī)劃等相關(guān)工作的矛盾。
還有調(diào)節(jié)金用途問(wèn)題。德清、湄潭、郫縣三地的規(guī)定有詳有略。調(diào)節(jié)金的收取既然主要依據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)和土地開(kāi)發(fā)形成的土地增值，就應(yīng)當(dāng)按照取之于地、用之于地的原則，盡可能明確用途。
四是集體經(jīng)濟(jì)組織內(nèi)部入市收益管理要未雨綢繆。
入市收益分配是集體土地入市改革的核心問(wèn)題。三地入市收益分配辦法可以說(shuō)各有特點(diǎn)，但都欠完善，尤其是湄潭的分配辦法過(guò)于籠統(tǒng)，留下制度漏洞。
入市收益管理問(wèn)題，三地中郫縣對(duì)集體經(jīng)營(yíng)性建設(shè)用地入市收益管理最為詳盡，德清只制定了一個(gè)入市收益分配管理規(guī)定，湄潭更只提出留歸集體經(jīng)濟(jì)組織的土地收益納入其集體資產(chǎn)統(tǒng)一管理，亟待細(xì)化完善。
五是農(nóng)村土地制度三項(xiàng)改革需要統(tǒng)籌協(xié)調(diào)推進(jìn)。
從首批入市試點(diǎn)情況看，有必要加強(qiáng)“兩個(gè)統(tǒng)籌協(xié)調(diào)”。
之一是要統(tǒng)籌協(xié)調(diào)調(diào)查規(guī)劃。農(nóng)村中的生產(chǎn)、生活、生態(tài)用地，農(nóng)村建設(shè)用地中的經(jīng)營(yíng)性用地、公益性用地和農(nóng)民宅基地，都是一個(gè)整體，各業(yè)各類用地的規(guī)模、結(jié)構(gòu)、布局、時(shí)序需要統(tǒng)籌安排、相互協(xié)調(diào)，否則，將不利于優(yōu)化用地配置和節(jié)約高效用地，也給農(nóng)村的全局和長(zhǎng)遠(yuǎn)發(fā)展留下隱患。
之二是要統(tǒng)籌協(xié)調(diào)收益分配。與城市各類用地的收益和支出由政府統(tǒng)一支配、統(tǒng)籌使用不同，農(nóng)村的產(chǎn)業(yè)發(fā)展用地、基礎(chǔ)公益用地、農(nóng)民宅基地大都分散在不同的集體經(jīng)濟(jì)組織和成員之中，因此尤其需要對(duì)各項(xiàng)收益進(jìn)行統(tǒng)籌協(xié)調(diào)，防止畸輕畸重。
首批入市地塊收益，有的已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于征地補(bǔ)償水平，也明顯高于增減掛鉤和農(nóng)村宅基地有償退出收益，若不及時(shí)妥善應(yīng)對(duì)，未來(lái)相關(guān)改革難免不相互掣肘，影響改革的順利推進(jìn)。
