2001年底，中央下發(fā)了《關(guān)于做好農(nóng)戶承包地使用權(quán)流轉(zhuǎn)工作的通知》（中發(fā)［2001］18號(hào)），明確提出了規(guī)范土地流轉(zhuǎn)的要求。文件下發(fā)后，江蘇、浙江等沿海經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)地區(qū)和四川、重慶、黑龍江等勞動(dòng)力轉(zhuǎn)移較多的地方農(nóng)戶承包地流轉(zhuǎn)規(guī)模相對(duì)較大。
2004年，國(guó)務(wù)院頒布《關(guān)于深化改革嚴(yán)格土地管理的決定》。其中第二點(diǎn)“加強(qiáng)土地利用總體規(guī)劃、城市總體規(guī)劃、村莊和集鎮(zhèn)規(guī)劃實(shí)施管理”中有提到“引導(dǎo)新辦鄉(xiāng)村工業(yè)向建制鎮(zhèn)和規(guī)劃確定的小城鎮(zhèn)集中。在符合規(guī)劃的前提下，村莊、集鎮(zhèn)、建制鎮(zhèn)中的農(nóng)民集體所有建設(shè)用地使用權(quán)可以依法流轉(zhuǎn)。”
《關(guān)于深化改革嚴(yán)格土地管理的決定》推出后，我國(guó)沿海各省市開始了局部和區(qū)域的農(nóng)村建設(shè)用地使用權(quán)流轉(zhuǎn)試驗(yàn)，并且取得了一定的成效，解除了農(nóng)民外出務(wù)工就業(yè)的后顧之憂，對(duì)農(nóng)業(yè)和農(nóng)村發(fā)展發(fā)揮了積極作用。
但受法律法規(guī)不健全和管理工作滯后的影響，土地流轉(zhuǎn)普遍存在著不規(guī)范的問題，比較突出的有：
一是農(nóng)戶間土地流轉(zhuǎn)多屬口頭協(xié)議，增加了糾紛陷患。浙江、廣東、山西省口頭協(xié)議都占50%以上，青海、甘肅等地主要是口頭協(xié)議。
二是強(qiáng)迫農(nóng)民流轉(zhuǎn)承包土地的問題仍比較突出。發(fā)包方、鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府代替農(nóng)戶簽訂土地流轉(zhuǎn)合同，強(qiáng)迫農(nóng)戶把承包土地流轉(zhuǎn)給開發(fā)商等問題已成為農(nóng)民信訪比較突出的問題之一。
三是借用土地流轉(zhuǎn)改變土地農(nóng)業(yè)用途。一些地方政府、村委會(huì)繞過(guò)建設(shè)用地管理規(guī)定，借用土地流轉(zhuǎn)名義，將流轉(zhuǎn)的土地用于非農(nóng)建設(shè)，謀取私利。
2005年，農(nóng)業(yè)部第二次常務(wù)會(huì)議通過(guò)了《農(nóng)村土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)管理辦法》，并于2005年3月1日開始施行。這是我國(guó)第一篇全面的正式的關(guān)于土地流轉(zhuǎn)的管理?xiàng)l例。
《農(nóng)村土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)管理辦法》頒布后，土地流轉(zhuǎn)正式走進(jìn)我國(guó)新土地改革歷史的進(jìn)程。全國(guó)各地農(nóng)村土地流轉(zhuǎn)開始試點(diǎn)進(jìn)行，各地的土地流轉(zhuǎn)服務(wù)單位也開始出現(xiàn)。農(nóng)業(yè)部通過(guò)的《管理辦法》在一定程度上解決了農(nóng)民行使土地流轉(zhuǎn)時(shí)可能面臨的諸多問題。譬如，當(dāng)農(nóng)民轉(zhuǎn)包或者互換土地時(shí)，如果發(fā)包人為不同的集體經(jīng)濟(jì)組織，必然面臨著轉(zhuǎn)包或者互換合同的效力問題。
